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ATAC-seq
転写調節因子やヒストン修飾研究でオープンクロマチン領域を網羅的に解析する手法です。
Chip-Seqと異なり目的とする抗体のない生物種でも解析することができます。
また、免疫沈降が不要のためChip-Seqよりも少ない細胞数で解析可能です。
エピゲノム変化の原因となった転写因子などの予測に有効となります。
- 少ない細胞数で解析が可能 （～約50,000細胞）
- ヌクレオソーム中のクロマチンの結合位置を１塩基レベルの 分解能で特定可能
- 疾患や細胞変化に関する重要な転写因子の探索に優位
- ChIP-seqとは異なり、調査したい抗体のない生物種でも実施可能
- 約100万円～／4サンプル
- （サンプル状態による）
- シングルセル解析に対応したメーカーであれば、細胞を単離した後にATAC-seqすることで細胞特異的な解析へ展開し易い
- 抗体が必要な場合、メーカーで用意してくれるか
Illumina HiSeq 3000/4000
