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従来法:in situ ハイブリダイゼーション
in situ ハイブリダイゼーションは、組織中で目的遺伝子の発現部位を解析する方法です。
組織切片を用いて組織における細胞レベルでのmRNAの分布を調べる方法(切片 in situ ハイブリダイゼーション)と、胚を丸ごと処理して胚全体における空間的な mRNAの分布を調べる方法(ホールマウント in situ ハイブリダイゼーション)の2種類の方法があります。
また、in situ ハイブリダイゼーション自体においても 1本の長いプローブでハイブリし、DIG標識/DIG抗体などで検出する従来法と、目的の mRNA とのハイブリ部分が 18-25塩基 と短い 「Z型プローブ」 からなる 超高感度 in situ ハイブリダイゼーション が存在します。
- 1本の長い RNA プローブ(500塩基程度) をターゲットの mRNA にハイブ リして検出(DIG標識が一般的)
- 基本的なコストは安く、古くから使用されている方法
- RNAの断片化が進んでいるFFPEサンプルには不向き
- 感度が低く、染色画像も境界線などが明瞭に出ない
- 約数万円~/サンプル
- (多検体値引きあり)
- 価格優先なら従来法、パフォーマンス重視やFFPEサンプルなどは超高感度 RNA ISHを選択
- どちらの方法か決まったら、その提供メーカーの中で価格優先で選択
ホールマウント ISH (マウス胚)