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空間/領域特異的トランスクリプトーム解析(Pic vs. LMD)
組織上の特定領域の遺伝子発現情報を調べる受託サービスです。RNASeqと併用することで発現領域を特定します。
LMD(レーザーマイクロダイセクション)は従来から利用されている実績のあるサービスです。
染色後の組織切片上の目的の領域をレーザーで切り取ったサンプルからRNAを抽出し、発現解析を行います。
一方のPicは、組織切片を使用する点は同じですがLMDのように切り出しは行わず、切片上で逆転写反応させたのちに、目的の領域へ光照射することで照射領域のみが増幅され発現解析を行います。
これまでの発現解析では、LMDを用いない限り組織全体の遺伝子発現を丸ごと見ることが基本であり、組織上の位置情報(遺伝子の分布の差)まで把握はできませんでした。
LMDや新手法であるPicのように組織切片から解析することで、生体における組織の部位や切片上のおよその位置情報を把握することが可能となります。
- 特定の領域の遺伝子発現を解析
- LMDは切り出したい領域の形状に合わせて狙い撃ちが可能
- Picは切り出し不要で、切片上で逆転写後に光照射するのみ
- LMD:約15万円+RNA-seq費用
- Pic:約18万円/サンプル
- LMD/Pic 共に提供可能なプロバイダーが限られるため、基本的にどちらの手法を選ぶかのみ
- 従来からあるLMDを用いた方法は実績はあるがコスト高。
- 一方、Picは新手法であるため実績は少ないが、費用は比較的安価